髓母细胞瘤（Medulloblastoma，MB）是一种小脑恶性胚胎性肿瘤，绝大多数为散漫病例，仅少数眷属性病例与SUFU、PTCH1、TP53和APC的胚系突变相关，上述突变主要驱动WNT和SHH分子亚型髓母细胞瘤的发生，眷属性非WNT/非SHH髓母细胞瘤刻下仍穷乏充分议论，相关遗传学领路相等有限。本议论纳入了两名罹患非WNT/非SHH髓母细胞瘤的本族姐弟（11 岁男性、16 岁女性），对其肿瘤样本（MB1-T、MB2-T）、外周血样本（MB2-PB、两名父母的外周血样本）开展全外显子组测序（whole exome sequencing，WES），分析其体细胞/胚系变异，筛查措施抹杀了内含子/同义单核苷酸变异（single nucleotide variants，SNVs）和常见等位基因。测序甘休骄慢，MB2存在体细胞17号染色体长臂获取（该变异为预后标记物）和两种无益NF1突变（p.G2785V、p.N2788Y），上述变异均未在MB1中检出；胚系分析发现了KYAT3、SPATA31A6和CBWD6的疏远变异，其中KYAT3可能在代谢重编程中阐扬作用，SPATA31A6可能参与基因组不清爽调控，议论未检出已知的髓母细胞瘤易感概述征或相关突变。这是全球首篇对于眷属性非WNT/非SHH髓母细胞瘤的报谈，议论发现了全新的体细胞（NF1）和胚系（KYAT3、SPATA31A6）变异，提醒该亚型髓母细胞瘤存在尚未被探明的致癌机制，上述发现突显了进一步开展议论以敷陈非WNT/非SHH髓母细胞瘤的驱动成分、开发对应靶向颐养决策的必要性，同期也证明全外显子组测序在揭示疏远眷属性髓母细胞瘤的遗传学基础方面具关联键作用。
伸开剩余91%背 景
髓母细胞瘤（MBs）是儿童最常见的核心神经系统（CNS）恶性肿瘤，具有瘤内异质性极高、生物学活动侵袭性强、举座预后较差的特征。勾搭最新的分子议论着力，髓母细胞瘤被差异为四个亚型：WNT激活型、SHH激活TP53野生型、SHH激活TP53突变型以及非WNT/非SHH型。除此以外，非WNT/非SHH这一类别自身就包含一系列临床和生物学异质性极强的疾病，过往该类别被细分为第 3 组和第 4 组，二者的预后阐发和潜在生物学特征存在权臣各别。分子谱分析技巧的逾越，尤其是DNA甲基化分析技巧的发展，标明上述组别还可被进一步分层为至少 8 种不同的亚型，每一种亚型齐具备私有的潜在遗传驱动成分和临床结局。但髓母细胞瘤遗传发病机制的相关议论刻下仍存在大齐空缺，一项纳入 1022 例髓母细胞瘤患者的大型部队议论详情APC、BRCA2、PALB2、PTCH1、SUFU和TP53为髓母细胞瘤的易感基因，据预计这些基因的胚系突变仅占统统髓母细胞瘤病例的 6%，说明绝大多数髓母细胞瘤的驱动成分仍未探明。绝大多数髓母细胞瘤为散漫性发病，仅少数病例与特定遗传易感概述征相关，包括Gorlin概述征（SUFU和PTCH1突变）、眷属性腺瘤性息肉病（FAP）概述征（APC突变）以及李-佛好意思尼概述征（TP53突变）。除上述经典概述征外，连年议论还发现了ELP1等新式易感基因，刻下ELP1已被阐述是SHH激活型髓母细胞瘤的进攻致病诱因，突显出髓母细胞瘤遗传风险成分的相关议论仍在束缚拓展。值得顾惜的是，上述绝大多数遗传变异齐参与了SHH和WNT亚型髓母细胞瘤的分子发病过程，与非WNT/非SHH亚型髓母细胞瘤无关，这与非WNT/非SHH亚型髓母细胞瘤多佩戴疏远个体遗传变异的共鸣相符。本议论薪金了一双本族兄妹（各又名不同性别子女）的 2 例髓母细胞瘤病例，两名患者均未发现相宜上述遗传易感概述征会诊的相关凭据。病理和免疫组化分析阐述，两例病例均属于非WNT/非SHH亚型，组织学分类为经典型。议论对两例病例均开展了全外显子组测序（WES），识别出了多个可能驱动髓母细胞瘤发生的潜在基因组特征，随后本议论将上述病例与既往报谈的眷属性髓母细胞瘤病例进行了对比。据议论东谈主员所知，这是文件中首篇详实知道遗传测序甘休的眷属性非WNT/非SHH亚型髓母细胞瘤报谈。
议论要领
DNA提真金不怕火和文库构建
从患者父母、MB-2患者的外周血，以及MB-1和MB-2的肿瘤组织中提真金不怕火基因组DNA，按照制造商操作说明拿获东谈主类基因组DNA样本。随后将这些文库在测序平台上测序。
全外显子组测序分析经过
原始数据以fastq花样汇总，为获取可用于后续分析的高质料读长，礼聘fastp（版块：0.20.0）对原始读前途行预处理，MB2-T、MB1-T、MB2-PB、父本外周血（F-PB）、母本外周血（M-PB）样本的测序深度分别为 267×、271×、267×、451× 和 284×。礼聘GATK（v4.1.9.0）进行碱基质料值重矫正，以及单核苷酸多态性（SNP）和插入/缺失（INDEL）重比对，单核苷酸多态性与插入/缺失的识别过程参考了Refseq、千东谈主基因组数据库、癌症体细胞突变目次（COSMIC）、在线东谈主类孟德尔遗传数据库（OMIM）等多个注目数据库，并使用ANNOVAR完成注目。礼聘MuTect（v2.0）软件识别体细胞单核苷酸变异/插入缺失位点，使用ANNOVAR软件进行注目。拷贝数变异（CNV）分析礼聘CNVkit软件开展，以东谈主类基因组GRCh37.p13行为参考序列，使用Control-FREEC（v11.3）软件以默许参数检测肿瘤-正常配对样本的体细胞拷贝数变异，礼聘Lumpy（v0.2.13）软件检测肿瘤-正常配对样本的体细胞结构变异（SV），检出的基因组变异信息礼聘Circos图进行可视化展示。
病例先容
首例患者（MB1）为 11 岁男性，有半岁首痛史，CT扫描骄慢小脑幕区存在一处稍高密度病灶，后续磁共振成像骄慢第四脑室有一枚 34×32 mm的肿块，伴阻难性脑积水（图1）。手术尽可能齐备切除肿瘤，术后病理/免疫组化染色查验确诊为髓母细胞瘤，组织学亚型为经典型，分子分型为非WNT/非SHH亚型，免疫组化甘休见表1。患者确诊时接收全脊髓磁共振成像查验，ag真人app官方网站入口未发现额外信号，但脑脊液液基细胞学查验可见红细胞、淋巴细胞/单核细胞，以及胞体大而圆、细胞核大且呈圆形/类圆形/不规章形的额外细胞团，提醒髓母细胞瘤细胞存在脑脊液转念可能。患者术后病情速即恶化，出现泛泛转念，无法耐受强化疗，术后 6 个月因脊髓多发转念蚀本。
▲图1 两例髓母细胞瘤的磁共振成像和组织学代表性图像
▲表1 两例MBs的临床阐发
第二例患者（MB2）为 16 岁女性，是首例患者的姐姐。首例患者发病 2 年后，该患者因出现 2 次头痛吐逆症状接收磁共振成像查验，甘休骄慢鞍上区和第四脑室均存在病灶，伴阻难性脑积水和间质性脑水肿，提醒可能为异位生殖细胞瘤或髓母细胞瘤（图1）。经我院诊疗团队商榷后，行手术切除第四脑室病灶以明确病明白诊、缓解脑积水症状，术后病明白诊为非WNT/非SHH型髓母细胞瘤，组织学亚型为经典型，免疫组化甘休见表1。患者接收第一程措施化疗后出现严重感染，以至激勉感染性休克，因此多学科团队勾搭那时患者病情的个体化评估甘休，决定赐与放疗议论贝伐珠单抗的颐养决策。
两名本族患者的一级、二级支属均无恶性肿瘤眷属史或遗传性疾病史。由于眷属性非WNT/非SHH亚型髓母细胞瘤极为疏远，疏远患者接收全外显子组测序以明确潜在的致癌驱动成分。在获取两名患者的书面知情原意后，送检首例患者的肿瘤样本（MB1-T）、第二例患者的肿瘤样本和外周血样本（MB2-T、MB2-PB）以及父母的外周血样本（F-PB、M-PB）开展全外显子组测序，按照通用经过进行分析和遗传变异筛查。
率先将父母两边外周血样本的拷贝数变异图谱与东谈主类参考基因组GRCh37.p13进行比对，未发现额外，提醒该眷属不存在胚系致病性拷贝数变异。由于无法获取患者MB1的配对胚系对照（如外周血），无法开展体细胞拷贝数窜改分析以区分体细胞事件和遗传性胚系拷贝数变异。尽管如斯，仍将MB1肿瘤的全外显子组测序数据与东谈主类参考基因组进行了初步比对（图2A），该分析发现了多处染色体失衡，包括1号染色体长臂和7号染色体长臂获取，以及3号染色体长臂和10号染色体长臂缺失（图2B）。
▲图2 MB1-T的WES图谱
随后分析了MB2的体细胞变异（图3A），发现MB2存在1号染色体长臂、17号染色体长臂的体细胞获取，以及1号染色体短臂、8号染色体短臂、14号染色体长臂、16号染色体长臂的缺失（图3B）。17号染色体长臂获取是髓母细胞瘤最有价值的预后标记物之一，pg电子该区域包含SOX9、SSTR2等多个髓母细胞瘤相关基因。此外，在MB2中统统检出 475 个非内含子、非同义体细胞单核苷酸变异，值得顾惜的是，检出了NF1基因的两处突变：NF1: NM_000267.3:exon57:c.G8354T:p.G2785V、NF1: NM_001042492.3:exon58:c.G8417T:p.G2806V，以及NF1:NM_000267.3:exon57:c.A8362T:p.N2788Y、NF1:NM_001042492.3:exon58:c.A8425T:p.N2809Y，这两处突变的变异品貌（VAF）约为 5%。SIFT数据库标注这两处NF1突变均为无益突变，MutationTaster数据库标注其为致病突变，但在MB1病例中未检出这两处突变。
▲图3 通过全外显子组测序（WES）检出的MB2体细胞变异
鉴于该眷属性病例极为疏远，议论东谈主员接下来筛选了潜在的隐性遗传突变，共检出 673 个遗传变异，按以下措施进行初步筛选：①抹杀统统内含子区单核苷酸变异；②抹杀统统同义单核苷酸变异；③抹杀千东谈主基因组经营和外显子组整合数据库中等位基因频率高于 1% 的单核苷酸变异。筛选后仅得到 9 个遗传变异，触及KYAT3、SPATA31A6、CBWD6、ANO5等基因。对潜在新发遗传突变进行访佛筛选后，得到 6 个遗传变异，触及SPATA31A6、CBWD6、OR4F6等基因。上述基因过甚潜在相关疾病的汇总信息见表2。议论东谈主员应用众人数据库（GSE85217）中的髓母细胞瘤转录组测序数据评估了这些基因的抒发水平，其中CBWD6和SPATA31A6基因未检出抒发，其余基因的抒发水平呈现分子亚型特异性模式。
▲表2 WES分析中检出的基因汇总
讨 论
眷属性髓母细胞瘤是一种疏远但具有进攻临床意旨的疾病类型，可为探究肿瘤发生的遗传和分子机制提供参考。Cornelia等东谈主已对既往发表的眷属性髓母细胞瘤病例作念了全面梳理，但多数已发表薪金均穷乏分子检测甘休。连年议论骄慢，眷属性髓母细胞瘤往往与遗传性概述征相关，包括Gorlin概述征（PTCH1和SUFU突变）、李-佛好意思尼概述征（TP53突变）以及眷属性腺瘤性息肉病（FAP）概述征（APC突变），上述疾病均为常染色体显性遗传模式，已有病例薪金时时形容多个眷属成员同期罹患髓母细胞瘤和其他恶性肿瘤的情况。其他概述征，比如Beckwith-Wiedemann概述征（表不雅突变）、考登概述征（Cowden syndrome，PTEN突变）和Rubinstein-Taybi概述征（CREBBP和EP300突变）与髓母细胞瘤的关联相对罕有，但也佐证了髓母细胞瘤存在遗传易感倾向。此外，同源重组拓荒（HRR）通路的要津基因BRCA2和PALB2的胚系突变也与髓母细胞瘤的发生相关，这类突变闲居出当今范可尼贫血（FA）等遗传易感概述征的配景下。连年议论还发现ELP1和GPR161可能是眷属性髓母细胞瘤的潜在致病基因，尤其与SHH亚型髓母细胞瘤相关：ELP1功能缺失变异对应的髓母细胞瘤发病率为 3.2%；GPR161变异尽管更疏远，但也被阐述参与髓母细胞瘤的发病过程。值得顾惜的是，上述绝大多数基因均与非WNT/非SHH亚型髓母细胞瘤无关，且本议论纳入的两例患者中也未检出这些基因的变异，提醒这类患者还存在更多尚未探明的致癌机制。
全外显子组测序数据骄慢MB2佩戴两个NF1体细胞突变。1型神经纤维瘤病（NF1）是由NF1基因突变激勉的遗传性疾病，典型特征为多发性神经纤维瘤、咖啡斑，且多种恶性肿瘤的发病风险升高。尽管髓母细胞瘤在NF1患者中相对罕有，但已有多例病例薪金佐证二者的关联，髓母细胞瘤在NF1患者中的低发生率提醒NF1基因突变自身不会权臣加多个体平直罹患该肿瘤的易理性。不外NF1编码的神经纤维瘤卵白是RAS/MAPK信号通路的要津负调控因子，NF1突变也与乳腺癌、玄色素瘤、肺癌等其他癌症相关，在这类肿瘤中，额外激活的RAS信号阐扬了要津致癌作用。接洽到NF1在RAS调控中的核心作用，这次检出的NF1突变仍可能在MB2的发生和进展中阐扬了促进作用。
对MB1和MB2的胚系突变分析发现了KYAT3、SPATA31A6、CBWD6和ANO5等既往议论中较少商榷的基因。KYAT3（犬尿氨酸氨基转念酶3）基因参与犬尿氨酸通路，可能在髓母细胞瘤发病中阐扬作用：KYAT3调控犬尿氨酸向犬尿喹啉酸的转动，后者是可转换免疫支吾和谷氨酸能信号的代谢物，犬尿氨酸通路失调可通过扼制T细胞活化，介导肿瘤免疫潜逃。此外，氨基酸代谢重编程是MYC扩增型髓母细胞瘤亚型的标记性特征，提醒KYAT3可能在代谢重编程中阐扬作用。后续议论可探索KYAT3在髓母细胞瘤中的抒发情况，评估其行为致癌驱动因子和颐养靶点的后劲。
尽管刻下尚无平直凭据标明SPATA31A6突变与髓母细胞瘤相关，但该基因在DNA拓荒和基因组清爽中的潜在作用提醒二者可能存在关联：SPATA31A6属于SPATA31基因眷属，该眷属参与紫外线辅导的DNA毁伤拓荒和虚弱过程。鉴于基因组不清爽是髓母细胞瘤的要津驱动成分，SPATA31A6突变可能通过毁伤DNA拓荒通路，导致致癌突变积蓄，进而促进肿瘤发生。要是SPATA31A6突变确乎通过毁伤DNA毁伤拓荒参与肿瘤发生，可推测这类肿瘤会存在对应的突变特征，比如紫外线突变特征或DNA拓荒颓势特征，且总体肿瘤突变负荷（TMB）更高。后续开展全基因组测序的议论可分析佩戴这类变异的个体所患肿瘤的突变特征，以考据这一假说。
行为COBW结构域眷属的成员，CBWD6是刻下功能议论较少的基因，尚无平直凭据标明CBWD6与髓母细胞瘤相关，后续议论可探究CBWD6在髓母细胞瘤中的抒发水平、遗传变异和功能作用，明确其是否参与肿瘤发生过程。
尽管本议论发现了ANO5的疏远变异，但该变异在髓母细胞瘤发生中的平直作用尚不解确，既往文件也未阐述二者的关联。ANO5编码anoctamin-5卵白，属于钙激活氯通谈（CaCC），参与细胞膜拓荒和磷脂酰丝氨酸重排过程。天然ANO5突变主要与颌骨主干发育不良和肢带型肌养分不良相关，但新的议论凭据骄慢，包括氯通谈在内的离子通谈可通过影响细胞体积转换、迁徙和增殖，参与癌症进展过程。钙信号和氯信号失调可通过转换凋一火顽抗和转念潜能，参与多种癌症的发生发展。尽管刻下尚无ANO5与髓母细胞瘤相关的平直报谈，但无益突变可能破损细胞膜清爽性和离子稳态，进而影响核心神经系统的肿瘤转动或肿瘤细胞存活，这一推测具有合理性。后续需要开展进一步功能议论，明确ANO5变异是否在髓母细胞瘤的发生中阐扬协同或转换作用，尤其是在眷属性病例的配景下。
这对本族患者未检出共有的明确致病性胚系变异，提醒存在多种可能性：①存在共有但未检出的低外显率遗传风险成分，或这类成分的组合（寡基因遗传）；②共有环境露出成分作用于易感但复杂的遗传配景；③全外显子组测序未能灵验遮掩的非编码调控区存在遗传变异。第三种可能性突显了全基因组测序（WGS）在这类病因未明的眷属性病例中的应用价值，后续针对这类疏远眷属性病例的议论可礼聘全基因组测序，有望发现全外显子组测序遗漏的结构变异、非编码区突变或复杂重排。
本议论的局限性之一是驱动议论时患者1（MB1）已病故，因此无法获取MB1的配对胚系样本（如外周血），无法对该病例开展拷贝数变异或体细胞变异分析，也就无法明确两例肿瘤是否存在共有的体细胞拷贝数变异。本议论的另一项进攻局限性是未开展DNA甲基化谱或转录组分析，无法将这些非WNT/非SHH亚型肿瘤精准差异为已公认的Group3、Group4亚型过甚下属细分亚型，若能明确这对本族患者的肿瘤是否属于并吞分子亚型，将提供极高的参考价值。
本议论发现的基因突变此前均未被报谈与髓母细胞瘤的发生相关，因尔后续议论应进一步探究这些基因驱动肿瘤发生的潜在机制，并基于上述发现开发新式靶向颐养战术。此外，明确这些基因突变的致癌潜能，也有助于股东针对高危东谈主群的遗传筛查形状落地。
眷属性髓母细胞瘤是具有进攻遗传学意旨的儿童脑肿瘤特地亚型，尽管多数已报谈的病例与已知的遗传性癌症概述征相关，但仍有部分病例的致病机制未明，需要进一步开展遗传学议论。勾搭本议论这类新病例的全外显子组测序数据，将深切咱们对该疾病的领路，为优化会诊和颐养战术奠定基础。改日议论应聚焦于拓展眷属性髓母细胞瘤的遗传图谱，探索其在个体化医疗中的应用价值。本议论新增的病例进一步丰富了相关议论凭据，突显了捏续开展眷属性髓母细胞瘤易感机制和惩办决策议论的必要性。
我司可提供髓母细胞瘤全外显子组基因检测，最为全面提拔髓母细胞瘤患者临床诊疗。还可送检脑肿瘤460基因检测（含染色体拷贝数变异检测），较为全面提拔临床会诊，计算可能获益的靶向、免疫及化疗药物，评估肿瘤遗传风险。
参考文件：
Huang， M.麻将胡了游戏下载， Li， J.， Liu， B. et al. Non-WNT/non-SHH medulloblastoma in siblings: case report and literature review. Discov Onc 16， 2246 (2025). https://doi.org/10.1007/s12672-025-04038-1
发布于：江苏省凤凰彩票官方网站 - Welcome
备案号: